Το παλιό Πανεπιστήμιο ή οικία Κλεάνθους, βρίσκεται στους βόρειους πρόποδες της Ακρόπολης, στην τοποθεσία Ριζόκαστρο, με κύρια είσοδο σήμερα επί της οδού Θόλου 5, στην Πλάκα. Η ακριβής  χρονολογία ανέγερσής του δεν είναι γνωστή, όμως από τις ανασκαφές που διενεργήθηκαν κατά τις εργασίες αποκατάστασης του κτηρίου και από μορφολογικά χαρακτηριστικά προκύπτει ότι ανέκαθεν υπήρξε κατοικία και ο αρχικός πυρήνας του χρονολογείται πιθανότατα στον 18ο αιώνα.

Το κτήριο καταλαμβάνει σήμερα έκταση μεγαλύτερη από ό,τι αρχικά, με δύο αυλές (στη βόρεια και νότια πλευρά) και κάτοψη σε σχήμα ανεστραμμένου Γ, το οποίο οφείλεται στις κατά καιρούς προσθήκες. Το παλαιότερο τμήμα του σπιτιού είναι η λίθινη σκάλα η οποία οδηγεί από το ισόγειο στον όροφο και αποτελεί απόδειξη ότι το κτίσμα ήταν εξαρχής διώροφο και σίγουρα σημαντικό, αν κρίνει κανείς από το μέγεθός του και άλλα στοιχεία όπως, για παράδειγμα τα δυο πηγάδια και τα μεγάλα πιθάρια για φύλαξη προϊόντων στο δάπεδο της βόρειας αυλής.

Στο ισόγειο υπήρχε καμαροσκεπής αίθουσα, εξυπηρετούσε όλες τις ανάγκες των ενοίκων και των ζώων τους, ενώ στον όροφο ξεχώριζε το χαγιάτι, ένα είδος στεγασμένου (και συχνά υαλόφρακτου) εξώστη. Το βέβαιο είναι ότι το σπίτι αυτό αγόρασαν από τη Σαντέ-Χαντούμ οι δύο φίλοι αρχιτέκτονες, Σταμάτιος Κλεάνθης και Εδουάρδος Σάουμπερτ, το 1831 όταν ήρθαν στην Αθήνα.

Είναι πολύ γοητευτική η υπόθεση πως ίσως ο αρχαιολογικός χάρτης της Αθήνας σχεδιάστηκε σ’ αυτό το σπίτι, όπου γρήγορα συγκεντρώθηκαν κι άλλοι, ξένοι κυρίως, αρχιτέκτονες οι οποίοι έρχονταν να εργαστούν στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος και να μελετήσουν τις αρχαιότητες, σύμφωνα με τις καλλιτεχνικές τάσεις τις εποχής. Το σπίτι ονομαζόταν “Μικρή Ακρόπολη” από το πλήθος των προπλασμάτων αρχαίων μνημείων και αρχιτεκτονικών μελών, που οι δύο αρχιτέκτονες συγκέντρωναν στην αυλή του.

Το 1834 πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους ανακηρύσσεται η Αθήνα. Το 1835 με κυβερνητικό διάταγμα το Κεντρικό Σχολείο της Αίγινας μεταφέρεται στην Αθήνα και μετονομάζεται “Γυμνάσιο” με πρώτο διευθυντή το Γεώργιο Γεννάδιο. Το σχολείο (Α' Γυμνάσιο) στεγάζεται για ένα χρόνο (1835-1836) στο σπίτι των Κλεάνθη-Σάουμπερτ.

Το 1837 αποφασίζεται η ίδρυση του “Πανεπιστημίου του Όθωνος” και για τη στέγασή του ενοικιάζεται πάλι το σπίτι του Κλεάνθη, με τον όρο ο αρχιτέκτονας να προσθέσει τρεις αίθουσες διδασκαλίας. Εικάζεται ότι ο “πύργος” στην ΒΑ πλευρά του κτηρίου είναι η προσθήκη του Κλεάνθη, αν και οι αίθουσες διδασκαλίας δεν έχουν ταυτιστεί προς το παρόν.

Τα εγκαίνια του Πανεπιστημίου πραγματοποιούνται στις 3 Μαΐου 1837. Οι φοιτητές είναι συνολικά 37, άνδρες διάφορων επαγγελμάτων και ηλικιών, που παρακολουθούν διαλέξεις μετά την εργασία τους. Όταν το 1841 το Πανεπιστήμιο μεταφέρεται στο κτήριο του Hansen, στη σημερινή οδό Πανεπιστημίου, ο Κλεάνθης εξακολουθεί να νοικιάζεται το σπίτι του στην “Γραμματεία Εκκλησιαστικών και Παιδείας” έως το 1850.

Το 1861 ο Κλεάνθης πουλάει το σπίτι στον Ανανία Λιμπινάκη ο οποίος, με τη διαθήκη του, το αφιερώνει στην Ιερά Μονή Αγίας Τριάδας Τζαγκαρόλων, μετόχι του βρίσκουν εδώ κατάλυμα κρητικοί πρόσφυγες. Το ίδιο θα συμβεί και πολύ αργότερα όταν, μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή, θα φιλοξενηθούν στο κτήριο μέχρι και 42 οικογένειες. Μεταπολεμικά οι Αθηναίοι θυμούνται την ταβέρνα που στεγαζόταν στο ισόγειο του καταρρέοντος κτηρίου.

Το 1963 η Οικία Κλεάνθους κηρύσσεται διατηρητέο μνημείο, το 1967 περιέρχεται στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και το 1975 αρχίζουν οι εργασίες αποκατάστασής του. Από τα μέσα της δεκαετίας του 1980 λειτουργεί ως Μουσείο της Ιστορίας του Πανεπιστημίου Αθηνών.